به گزارش علمدار بصیر به نقل از پایگاه اطلاع رسانی ریاست جمهوری، محمود احمدی‌نژاد رییس جمهور طی حکمی سید محمد حسینی خامنه ای را به ریاست بنیاد ایران شناسی منصوب کرد. متن این حکم به شرح زیر است:
حضرت آیت الله جناب آقای سید محمد حسینی خامنه ای
با توجه به اهمیت والای شناخت و معرفی ابعاد گوناگون ایران از جمله اندیشه، تاریخ، هنر و معماری و با عنایت به مراتب دانش و جایگاه رفیع علمی و تجربیات ارزشمند جناب عالی، بر اساس ماده (9) اساسنامه بنیاد ایران شناسی و به موجب این حکم برای یک دوره چهار ساله مسئولیت «ریاست بنیاد ایران شناسی» را به حضرتعالی محول می نمایم.
رجاء واثق دارم آن جناب ضمن بهره گیری از تمامی ظرفیت های علمی فرهیختگان و دانشمندان کشور بستر لازم را جهت پژوهش و شناسایی همه ابعاد این سرزمین به عنوان مهد رویش تمدن و فرهنگ اسلامی-انسانی فراهم خواهید آورد.
ریاست هیات امنای آن بنیاد نیز در اجرای بند (ه) ماده (6) اساسنامه بر عهده جنابعالی خواهد بود.
با تجدید خاطره و یاد مرحوم فقید جناب آقای دکتر حسن حبیبی و خدمات شایسته ایشان به فرهنگ سرزمین نورانی ایران، توفیق شما و سایر اعضای محترم آن بنیاد را در انجام این رسالت خطیر و در ظل توجهات حضرت ولی عصر (عج) از خداوند متعال مسالئت دارم.